Как это сделать?

1. Вернуть все миграции в нулевое состояние с параметром fake. Это означает, что информация о миграции будет удалена, но содержимое не изменится.

   python manage.py migrate app zero --fake

2. Удалить файлы миграции из репозитория

   rm app/migrations/*

3. Создайте новый файл миграции

   python manage.py makemigrations app

4. Запустите новую миграцию с параметром fake, чтобы добавить информацию о миграции в базу данных, но не изменять структуру базы данных.

   python manage.py migrate app --fake

Источник: https://evileg.com/ru/post/483/